PT KAI Daop 6 Yogyakarta berencana untuk menata ulang Stasiun Lempuyangan. Menurut Manajer Humas KAI Daop 6 Yogyakarta, Feni Novida Saragih, penataan ini diperlukan untuk mengembangkan dan memperluas kapasitas stasiun guna memastikan keamanan dan keselamatan penumpang. Tingginya volume penumpang kereta api jarak jauh dan KRL di Stasiun Lempuyangan menjadi faktor utama yang mendorong upaya penataan ini.
Selain itu, 13 rumah dinas yang terletak di kawasan emplasemen stasiun akan dijadikan aset bangunan PT KAI. Namun, sejumlah warga yang tinggal di rumah-rumah itu menolak untuk direlokasi. Meskipun kawasan Stasiun Lempuyangan merupakan Sultan Ground, KAI Daop 6 Yogyakarta telah mendapat izin untuk mengelola dan menggunakan area tersebut.
PT KAI berencana untuk menata emplasemen Stasiun Lempuyangan meskipun mendapat protes dari sebagian warga sekitar. Dalam upaya penataan, perusahaan ini juga telah memiliki surat keterangan pendaftaran tanah yang diperlukan. Jadi, penataan ini merupakan langkah yang diambil untuk meningkatkan keselamatan, pelayanan, dan kenyamanan penumpang di Stasiun Lempuyangan.
